生物通报道 在过去的7年里一直在忙于编写患者肿瘤突变目录的癌症研究人员们，现正在谈论他们下一步该做什么。本周，美国国家癌症研究所(NCI)的研究人员将他们愿望清单上的一项计划公诸于世：对每种癌症类型10000个肿瘤开展更广泛的调查，目的旨在发现非常罕见的癌症基因。生物通 明年，NCI将会结束“癌症基因组图集”（The Cancer Genome Atlas，TCGA）计划。这一大型计划于2006年启动，旨在全面寻找肿瘤中与癌症相关的遗传改变。超过150名癌症研究人员投入这项工作，对约20种癌症类型，每个类型500个肿瘤样本（总共1万个样本）进行了测序。TCGA已经对已知癌症基因进行了检验，发现了驱动某些癌症的一些新遗传改变；尽管该项目一直被批评成本过高，许多的研究人员仍认为这是值得的。
那下一步该做什么？在星期一召开的NCI科学顾问委员会(BSA)会议上，NCI癌症遗传学家Louis Staudt和Stephen Chanock概述了近期TCGA研讨会提出的一个想法。Staudt解释说，因为肿瘤常常有许多与癌症无关的突变，辨别它们非常的困难。甚至对于最深入展开研究的癌症，例如肺腺癌，一些已知的癌症基因也没有在癌症基因组调查中突显出来。要发现稀有癌症基因，研究人员还需要对更多的样本进行测序。生物通 Illumina近日推出人类外显子组研究的Human Exome BeadChip芯片，技术资料咨询> >>
Staudt随后对他所谓的“10K概念”进行了描述。“这一想法是对乳腺癌和前列腺癌等几种常见癌症，每种类型进行10,000个肿瘤样本测序。这应该足以发现只发生在1%样本中的突变。”该计划还试图将个别患者的遗传结果与临床预后及如吸烟等生活方式因素联系起来，这是TCGA没有做到的。生物通 Staudt说，为每种癌症寻找10,000肿瘤有可能比听起来更容易。原因之一在于，近期研究人员发现石蜡保存肿瘤切片可以用于测序和基因表达研究。“这改变了游戏的规则，”Staudt说。直到现在，TCGA研究人员都认为他们必须利用冰冻样本，而这稀缺的多。
通过从已完成的临床试验及观察性研究中收集肿瘤样本，依靠计划性研究，该项目将节约不少的钱。例如一项名为ALChEMIST的NCI肺癌试验将对7000名患者肿瘤进行测序，寻找16%携带两种特异突变基因的患者；只有这些患者才会继续进入到研究的治疗部分。来自所有7000名患者的活检有可能会成为10,000肺癌基因组计划的组成部分。生物通
Staudt承认NCI面临着5%的预算削减，这不是开展一个新的大型研究项目的好时机。几个BSA成员对来自更多癌症基因组“递减性报酬”抱怀疑的态度。冷泉港实验室主任Bruce Stillman说，尽管他是TCGA的强力支持者，按比例放大每种癌症至10,000个肿瘤“在此刻并不是很明智”。 Stillman指出，发现乳腺癌风险基因BRCA1推动了寻找更多的家族性乳腺癌基因，但却没有获得太多的发现。相反，NCI应该专注于更多地了解TCGA收集的数据，例如探索生物信号通路。
Staudt告诉ScienceInsider，NCI还没有对10,000癌症基因组计划进行标价。这只是被认为应该跟随在TCGA之后的几个项目之一；它的命运还取决于NCI其他的优先事项。他警告说，目前还只是在讨论阶段。“这还不是一个‘项目’，它只是一个概念，有可能会或是不会成为一个项目。”来源：生物通