宏基因组学又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品种提取全部微生物的DNA，构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能
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利用二代高通量测序技术，对微生物的16S rDNA及ITS高变区域，分析环境中的细菌、古细菌以及真菌的种类组成和构成，揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度、进化关系，进一步探讨微生物多样性。
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