蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子，二者间的相互作用一直是分子生物学研究的中心问题之一。研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) ，同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点（即组蛋白修饰酶的靶标）。但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量大等缺点，在实际应用的过程中局限颇多。
核酸酶靶向切割和释放（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease, CUT&RUN）是表观遗传学的一种新型技术方法，在蛋白质-DNA的相互作用以及组蛋白翻译后修饰（PTMs）的基因组定位研究中取得突破性进步。CUT&RUN对传统的ChIP检测方法进行了重大的修改，消除ChIP固有的一些缺点，简化工作流程，跳过了ChIP-seq中包括染色质片段化和抗体pull down等非常具有挑战性步骤，用更少的细胞量和测序读数获取更佳的数据。
对于新用户，CUTANA™ CUT&RUN提供了您开展实验所需要的一切，包括简单易上手的实验套装、实验方案以及验证过的抗体等等，实验操作流程如下：
CUT&RUN工作流程
| ● 固定细胞 |  |
| ● 添加抗体和pAG-MNase（Protein A-Protein G-微球菌核酸酶） | |
| ● 激活MNase并切割DNA | |
| ● 结合抗体的复合物扩散至溶液中 | |
| ● 准备测序文库 | |
| ● 测序 |
为什么选择CUTANA™ CUT&RUN？
如下图所示，CUTANA™ CUT&RUN在使用更低测序读数的同时，结果要更优于ChIP-seq。
CUTANA™ CUT&RUN优势：
● 节省了10倍的测序成本，省时高效。（与ChIP-seq相比）
● 低细胞需求量。（低至5k)
● 可作用于多种多样的靶标和样本类型，
● 操作流程简单易上手。
● 测序结果信噪比高。
● 实验可重复性好。
CUT&RUN可以用于研究多种类型的靶标，包括转录因子、染色质相互作用蛋白和组蛋白翻译后修饰，还为一些研究染色质重塑等十分具有挑战性的目标提供了机会。
下图为具有代表性的基因组浏览轨迹，展示了使用K562细胞的CUTANA CUT&RUN结果。通过将每个样本中约300-800万个测序reads用于表观遗传学的各靶标，可以观察到具有期望分布面的清晰峰。
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CUTANATM CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS
EpiCypher的CUTANA™ CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS为用户提供了染色质定位实验的细胞-测序解决方案，该试剂盒包含了从细胞到测序流程中所有必要的对照以及验证试剂，充分确保实验能够获得高质量数据。
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CUTANA™系列的所有试剂均经过测试和验证，适用于本公司CUTANA™ CUT&RUN优化后的工作流程。
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SNAP Spike-ins：表观基因组学中的核小体定量对照
SNAP Spike-ins将含有DNA条形码且携带组蛋白（已翻译后修饰）的半合成核小体作为表观基因组学分析的定量峰值对照，提高了分析可靠性的同时，还实现了精确样本的标准化。此外，SNAP Spike-ins不仅优势多，而且使用范围广，可适用但不局限于以下方面：
√ 与CUT&RUN、CUT&Tag、和ChIP-seq测定兼容；
√ 抗体特异性分析验证，可原位操作；
√ 监测分析性能，可持续监测检测情况；
√ 定量样本比较，可直接定量读数；
√ 故障排除实验。
上图为产品SNAP-CUTANA™ K-METSTAT PANEL，该产品包含了15个携带疾病相关赖氨酸甲基化修饰的dNucs（即含DNA条形码的半合成核小体）和一个未经修饰的dNucs对照。
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