还在等三生三世？现在就来绘制惊艳单细胞图谱吧！
10X Genomics单细胞测序
10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序介绍
博奥晶典单细胞测序解决方案，采用10x Genomics公司最新的ChromiumTMSingle Cell3'系统，通过快速高效的单细胞标记、测序和分析，获得单细胞水平的数字化基因表达谱，可对复杂细胞群体进行深入细致分析，绘制单细胞图谱。这一技术可广泛应用于癌症，免疫，干细胞，胚胎分化发育，神经分化发育等研究，为疾病或遗传发育等研究等提供了前所未有的良好机遇。
➤ 在许多关键生命过程中，如疾病发生发展或胚胎发育，单个细胞的特定行为和异质性，可能导致重要甚至是决定性的后果。
➤ 由于生物样本中细胞异质性(Cellular Heterogeneity)的存在，重要的单细胞变化往往被细胞群体的平均化检测结果所掩盖。
➤ 单细胞测序，分析每个细胞的基因表达谱，实现群体中各细胞类型的转录特征谱辨别，并能深入揭示各细胞类型的基因表达差异。
➤ 高分辨率研究免疫系统细胞的动态变化，或者细分癌症患者的肿瘤细胞，包括恶性肿瘤细胞、免疫细胞和正常细胞等。
10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序原理
通过ChromiumTMSingle Cell3'微滴生成系统，使每个微滴中分配到唯一的细胞，细胞裂解和反转录均在微滴内进行。由于每个微滴具有唯一的barcode序列，则源于同一微滴（即同一细胞）的反转录产物均带有相同的barcode，从而实现单细胞分辨率。
图：10x Genomics平台微滴生成和barcode标记原理
案例介绍
10xGenomics 公司最新的ChromiumTMSingle Cell3'单细胞测序 已在顶级杂志发表多篇重量级文章，应用于超级研究热点CRISPR等。
Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员与10x Genomics公司合作，应用ChromiumTMSingle Cell 3'单细胞测序检测来源于29个样本的约25万个单个细胞，验证了10x Genomics系统单细胞RNA测序的灵敏度和可靠性。并分析了来自急性髓性白血病患者的珍贵临床样品，研究造血干细胞移植前后，患者体内的免疫细胞亚群变化，在单细胞分辨率下确定受体和供体嵌合现象。研究结果发表于2017年1月16日的Nature Communication上。这项研究显示了10x Genomics 单细胞测序潜在的临床应用前景，并为未来的大样本研究奠定了基础 [1]。
10x Genomics 单细胞测序与CRISPR结合，以在单细胞水平上实现高度多重CRISPR筛选。加州大学旧金山分校（UCSF）和Broad研究所的研究人员合作，通过在大量细胞中引入CRISPR基因编辑系统，并应用单细胞测序分析这些基因编辑的影响，高效分析复杂的基因调控网络，探索基因修饰如何影响细胞状态，并深入研究这些基因如何相互作用等。多篇研究结果连续发表于2016年的Cell上[2-3]。
Reference
[1] Zheng G X Y, Terry J M, BelgraderP, et al. Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells [J].Nature Communications , doi: 10.1038/ncomms14049
[2] Adamson B, Norman T M, Jost M, et al. A multiplexedsingle-cell CRISPR screening platform enables systematic dissection of theunfolded protein response[J]. Cell , 2016, 167(7): 1867-1882. e21.
[3] DixitA, Parnas O, Li B, et al. Perturb-seq: dissecting molecular circuits withscalable single-cell RNA profiling of pooled genetic screens[J]. Cell ,2016, 167(7): 1853-1866. e17.
10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序优势
1. 通过液滴-barcode-细胞的一一对应关系，实现单细胞分辨率
2. 无需单细胞分离等复杂操作过程
3. 一次建库测序可以获得1000到6000个细胞的转录组数据
4. 实现基于基因表达特征的细胞亚群体分析
10x Genomics公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序数据分析
博奥晶典数据分析采用10x Genomics公司配套开发的专用分析软件，主要分析内容包括：
✓ 单细胞基因表达谱
✓ 细胞群体PCA分析
✓ 细胞群体k-means聚类分析及可视化
✓ 细胞亚群相关性分析
✓ GO注释和显著性富集分析
✓ Pathway注释和显著性富集分析、
✓ 细胞群体间差异表达分析
✓ 群体间差异表达基因注释和显著性富集分析
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博奥晶典科研服务事业部 李莹、吴洁、张西轩 | 文案
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